הפעילות השוטפת של מוזיאון המדע למערכת החינוך נמצאת בעיצומה עם מפגשי מדע לכלל התלמידים, פרויקטים ייחודיים בשיתוף משרד החינוך ומחלקת החינוך במחוז ירושלים ובעיריית ירושלים (מנח"י) והשתלמות לעובדי הוראה. בתמיכה של ועדת העיזבונות יצא המוזיאון ליישובי עוטף עזה, לפעילות עם תלמידים והקהילות המקומיות.