המוזיאון פועל בתמיכה של עיריית ירושלים.
מנח"י - מינהל חינוך ירושלים
צוות היגוי משותף לאנשי המדעים ומנהלי האגפים במנח"י, ולאנשי חינוך במוזיאון, מלווה את הפעילות החינוכית במוזיאון ומפתח יוזמות משותפות. מנהל מנח"י וצוות המדעים במנח"י חברים בועד המנהל ובועדות המוזיאון.
אגפי התרבות והתיירות בעיריית ירושלים
קשרי עבודה משותפים עם מנהלי המחלקות על פרויקטים ייחודיים לקידום יוזמות עירוניות משותפות ופעילות שוטפת של המוזיאון.
מנהל האגף חבר בועד המנהל של המוזיאון.